Hrad Velešín založil král; kdy se ale tak stalo, nevíme. Později přešel Velešín do šlechtických rukou: r. 1266 ho držel Čéč z Budějovic a po něm Beneš Pyšný, předek rodu pánů z Michalovic. Za Přemysla Otakara II. se Velešín stal znovu zeměpanským, ale už za vlády jeho syna Václava II. hrad r. 1283 opět získali páni z Michalovic, kteří ho pak vlastnili až do r. 1387. Onoho roku Velešín koupil Oldřich z Rožmberka; tehdy byl hrad královským manstvím, z něhož jej propustil král Václav IV. r. 1391. Husitské války se Velešína příliš nedotkly, přestože ho r. 1423 údajně zradou obsadil Jan Žižka. Jinak je v průběhu 15. století na hradě doloženo několik rožmberských purkrabí a zachoval se i zajímavý inventář z r. 1476, který mimo jiné dokládá, že i tak rozsáhlý hrad neměl v dobách míru posádku o větší síle než deset mužů. R. 1487 byl prodán poplužní dvůr, který ke hradu patřil, což je neklamnou známkou, že s ním už Rožmberkové – asi pro náročnost údržby – dále nepočítali. Jako pustý se hrad Velešín, který byl po svém vyklizení i záměrně pobořen, poprvé uvádí r. 1541. Ještě jednou se pak připomíná r. 1613 jako „tvrz zbořená u Velešína kdež ještě nemálo zdí se spatřuje a v spanilých místech a položení.“