Klášter byl založen v Prostějově r. 1391 Petrem z Kravař. Kanovníci zde vystavěli trojlodní kostel, zasvěcené Navštívení Panny Marie, a přilehlou budovu kláštera. Klášter byl ale před r. 1430 vypálen husity. V letech 1522 – 35 obnovila kostel městská obec pro bohoslužby církve pod obojí. Bývalá kapitulní síň se po r. 1600 změnila na kapli Nejsvětější Trojice. Roku 1622 předal Karel z Lichtenštejna faru do správy katolických duchovních. Po požáru r. 1697 byl kostel ihned opravena o rok později nově vysvěcen. Tehdy byla zaklenuta loď (předtím plochostropá) a upraven hlavní vstup ze severní strany, tj. od fary. Kostelní věž dostala svou dvojitou barokní báň v l. 1725 – 26 a r. 1893 byla novobarokně upravena. Barokní výzdobu pak dále obohatil Karel Dostál – Lutinov, prostějovský farář v letech 1904 – 23. Ke spolupráci získal výtvarníky Františka Bílka, Zdenu Vorlovou – Vlčkovou, Pantaleona Jaroslava Majora a Jana Köhlera.