Roku 1636 se v Klatovech usadili jezuité, kteří se snažili převést protestantské obyvatelstvo na katolickou víru. Roku 1656 byly položeny základy jezuitského chrámu, staviteli byli Dominik Orsi a Carlo Lurago. Tři portály v čele kostela jsou dílem Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Kostel několikrát vyhořel, do současné podoby byl opraven po požáru v roce 1810.
Chrám je 49 metrů dlouhý a 28 metrů široký, výška hlavní lodi je 23,4 metru. Pod kostelem jsou rozsáhlé katakomby, do nichž byli pochováváni v letech 1674-1783 řádoví bratři a šlechta sympatizující s jezuity. Těla zemřelých byla konzervována působením zvláštního systému větracích kanálů.